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(1)肾藏精，主生殖和发育之精，是构成人体的基本物质，也是人体各种功能运动的物质基础，包括先天之精和后天之精。先天之精由父母遗传，后天之精来自饮食，两者都由脾胃藏于肾，称为“肾精”。“肾精”是人体生长发育生殖功能的物质基础，影响着人体的所有器官。肾精的盛衰关系到生殖和生长发育的能力。从小到大，肾的精气逐渐充盈，牙齿越来越长。肾脏发育到青年时期，精气充盈，产生一种“天癸”物质，于是男性产生精子，女性开始如期来月经，性功能逐渐成熟，具备生殖能力；当你老了，肾的精气会逐渐衰退，性功能和生殖能力会衰退消失，身体会逐渐衰老。故苏文钱毂天真论曰:“夫八岁，肾气足，发长齿多；二十八、肾气充盈，精气溢泄。七八、日疲精少，肾衰，身体极好。八八，牙齿掉了。女，七岁，肾气足，牙长，二七，但天要来，脉太盛，月现，...七月七日，脉象太弱，脉象太弱，天竭，地道不通，故坏而无子。”这充分体现了肾精在主持人体生长发育和生殖功能中的作用。肾精不足，孩子就会发育不良，萎靡不振，智力低下。成年人早衰，头晕耳鸣，精力下降；女性有生殖器官发育不全、月经初潮晚、闭经、不孕等。男人不孕不育。
(2)主骨生髓，与脑肾相连，能生髓。骨髓生于骨中，骨依靠骨髓获得营养。所以苏文玄明五气篇说:“肾主骨”，“阴阳应似大论”说:“肾生骨髓”。肾精充足，骨髓就会生化活跃，骨骼就会得到充分的滋养和强壮。肾精亏虚，骨髓来源不足，骨骼得不到滋养，骨骼就会衰弱，甚至发育不良。所以儿童囟门闭合晚，骨骼软弱，往往是肾精不足，骨髓空虚所致。补肾中药的临床应用，可以加速骨骼的生长和愈合，治疗各种骨髓疾病和再生障碍性贫血，其理论基础是中医肾藏精、精血交替、肾主骨、精生髓的理论。
骨髓分为骨髓和脊髓，脊髓通向大脑。因此，灵竖亥论说:“脑是髓之海”。大脑的功能是主持精神思维活动，所以又叫“元神之府”。因为脑髓有赖于肾精的不断化生，如肾精不足，除了腰酸腿软等症状外，还会出现头晕、失眠、智力低下等。
“牙在骨外”，牙齿也要靠肾精的滋养，所以有些牙病也和肾有关。肾精充足，牙齿就会坚固。比如儿童牙齿出生太晚，成人牙齿松动容易脱落，都是肾精不足的反映。正是因为这个原因，肾虚引起的牙痛、牙抖，往往用补肾的方法来治疗。
(3)肾主水，主要是指它在调节体内的水液平衡方面起着极其重要的作用。水和液体在体内的滞留、分布和排泄主要是由肾的气化功能来完成的，气化的动力是肾阳，也依赖于肾阳和肾阴的调节，通常比喻为“开”和“关”。一般认为肾阳主开，肾阴主闭。肾阴不足则多开少闭，小便多，常见于尿崩症、糖尿病。治疗期间要养肾阴。肾阳不足，则开合少，小便少，水肿多。治疗应以温补肾阳为主。
(4)肾主命门火“命门”，即生命之门，蕴含着生命的根本意义。“火”指的是功能性权力。肾主命门之火，即肾具有掌管人体生命活动的根本动力的功能。肾有肾阴肾阳，命门之火为肾阳，又称元阳、振阳，是维持生命活动的动力之源。临床上，命门火衰患者的症状多与肾阳虚症状相一致，补命门火的药物具有补肾阳的作用。之所以称他们为“命门”，无非是强调阳在肾中的重要性。命门之火能滋养和促进脏腑功能，温补脾脏，帮助肺吸气，促进生殖功能的成熟，促进生长发育，促进水液的运行和气化。如果正气衰竭，脾胃不温，可引起五变泄泻或慢性腹泻，或阳痿、早泄、遗精、月经不调等证候。如果命门火旺，就会出现遗精、性欲亢进、失眠等。
(5)肾主摄气是指肾帮助肺吸气降气的功能。正常呼吸既要靠肺的降，也要靠肾的吸收。肾在下焦中起着吸气的作用。只有肾气充盈，肺为辅，气道才能通畅，呼吸才能均匀。气虚不能吸气，就会呼吸多，吸吮少。哮喘吸气困难，临床上称为“肾不纳气”。这种哮喘要用补肾纳气的方法来治疗。
(6)耳朵的听觉功能取决于肾的精气。肾主藏精，肾精充足，听觉才能灵敏。所以《灵枢脉度》一章说:“肾气通耳，肾耳可闻五音。”肾精不足，就会耳鸣，听力下降。老年人经常看到耳聋等疾病。往往是因为肾精衰竭。
精血互为化生，精血充盈，毛发的营养来源于血液，但其生命力来源于肾气，所以毛发生长脱落的过程反映了肾气的盛衰。所以苏文·钱毂《天真论》说:“女人七岁，牙更长”，“丈夫八岁，肾固，牙更长”。所以，中青年人肾气足，头发多。